Yûgi Muto reçoit un jour de son grand père le puzzle Millénaire. Nul n'était auparavant parvenu à reconstituer cet antique objet, mais le jeune Yûgi réussit.

Il libère ainsi l'esprit d'un ancien pharaon d'Égypte qui viendra habiter son corps. Le jeune homme va devoir alors combattre les forces maléfiques du temps et découvrir la véritable identité de ce pharaon qui l’habite.

 

Domino City est devenue une ville en ruines depuis le fameux tournoi où participa Yugi. La ville est rebaptisée Neo Domino City. Les duels de cartes y sont toujours aussi présents, et un nouveau système de combat voit le jour, le riding duel. Le jeune Fudou Yusei est un duelliste hors pair. Une rivalité va naitre entre le jeune Fudou et King.